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Langue
d'enseignement

贵谤补苍莽补颈蝉

笔谤茅补濒补产濒别蝉

Les pr茅requis sont les suivants :

• En g茅n茅tique (g茅n茅tique et biotechnologies) : g茅n茅tique classique, notion de liaison g茅n茅tique, th茅orie chromosomique, mitose et m茅iose, expression g茅nique (transcription et traduction avec leur m茅canisme mol茅culaire), r茅paration de l鈥橝DN (tout sauf r茅paration des cassures double brin)
• En biostat (proba et stat) : notion de fr茅quence relative, de moyenne et d鈥櫭ヽart-type, probabilit茅s et 茅v茅nements ind茅pendants, intervalle de confiance 脿 la moyenne
• En biochimie (chimie du vivant) : structure des prot茅ines, effets des solvants, catalyse enzymatique
• En chimie (g茅n茅rale et) organique : acides et bases, attaques nucl茅ophiles/茅lectrophiles et st茅r茅ochimie
• En biologie g茅n茅rale : structure g茅n茅rale des cellules (procaryotes et eucaryotes, 茅volution, 茅volution mol茅culaire, interactions trophiques, symbiotiques et parasitaires

Le(s) pr茅requis de cette Unit茅 d鈥檈nseignement (UE) sont pr茅cis茅s 脿 la fin de cette fiche, en regard des programmes/formations qui proposent cette UE.

Th猫mes abord茅s

• La plasticit茅 de l鈥檌nformation g茅n茅tique
• Le g茅nie g茅n茅tique聽: biologie mol茅culaire, transgen猫se et s茅quen莽age des g茅nomes
• Logique g茅n茅tique et interactions g茅n茅tiques
• Etude du polymorphisme pour la d茅couverte des associations entre g茅notype et ph茅notype

Acquis
d'apprentissage

A la fin de cette unit茅 d鈥檈nseignement, l鈥櫭﹖udiant est capable de :
.	1) Ma卯triser des processus mol茅culaires qui stimulent la plasticit茅 g茅nomique 脿 l鈥櫭ヽhelle g茅n茅rationnelle d鈥檜ne part et 茅volutive d鈥檃utre part 2) Comprendre les outils de la biologie mol茅culaire et leurs limites 3) Comprendre la g茅n茅ration de s茅quences d鈥橝DN de grande taille et leurs contraintes 4) Int茅grer la logique g茅n茅tique et les concepts d鈥檌nteractions g茅n茅tiques 5) Comprendre la logique d鈥檃ssociation g茅n茅tique 脿 partir de donn茅es g茅nomiques

Contenu

Introduction
Chapitre d鈥檌ntroduction revoyant les bases acquises lors des ann茅es pr茅c茅dentes
Chapitre 1 鈥� Transactions d鈥橝DN
1.1. La recombinaison homologue :
1.1.1. Le mod猫le original de Holliday
1.1.2. Double strand break repair
1.2. La conversion g茅nique
1.3. La recombinaison site-sp茅cifique
1.3.1. M茅canisme des recombinases 脿 s茅rine
1.3.2. M茅canisme des recombinases 脿 tyrosine
1.3.3. Variation de phase d茅pendante de recombinase
1.3.4. R茅solution des dim猫res de chromosomes par recombinaison site-sp茅cifique
1.4. La transposition
1.4.1. Les transposons 脿 ADN
1.4.1.1. S茅quences d鈥檌nsertions et origine 茅volutive des transposons
1.4.1.2. Transposition conservative
1.4.1.3. Transposition r茅plicative
1.4.2. Les r茅trotransposons
1.4.2.1. R茅plication des r茅trovirus et des r茅trotransposons
1.4.2.2. R茅trotransposons 脿 poly-A
1.4.2.3. Origine des r茅tropseudog猫nes
1.4.3. La transposition domestiqu茅e : la recombinaison V(D)J
1.5. Transferts d鈥橝DN intersp茅cifiques
1.5.1. Les plasmides conjugatifs
1.5.2. Les ICEs
1.5.3. Les bact茅riophages
1.5.3.1. Le phage M13
1.5.3.2. Le phage l
1.5.3.3. La transduction g茅n茅ralis茅e
1.5.4. Transfert horizontaux et r茅sistance aux antibiotiques
1.6. M茅canismes de d茅fense contre les envahisseurs g茅n茅tiques
1.6.1. Procaryotes
1.6.2. Eucaryotes
Chapitre 2 鈥� Introduction au g茅nie g茅n茅tique
2.1. La bact茅rie E. coli
2.2. Les levures de laboratoire
2.3. Les plasmides
2.3.1. Origines de r茅plication : diversit茅 et m茅canisme mol茅culaire
2.3.2. M茅canismes de l鈥檌ncompatibilit茅 plasmidique
2.3.3. Les plasmides mobilisables
2.3.4. Les plasmides navette E. coli 鈥� levure
2.4. Les marqueurs de s茅lection
2.5. Les marqueurs de contre-s茅lection
2.6. Manipulation du bact茅riophage M13
2.7. Les phagemides
2.8. Les enzymes de restriction et de ligation
2.9. Les vecteurs de m茅nage
2.10. La transformation bact茅rienne
2.11. La pr茅paration d鈥橝DN plasmidique
2.12. L鈥櫭﹍ectrophor猫se en gel d鈥檃garose
2.13. La PCR
2.14. La PCR quantitative
Chapitre 3 鈥� Plasmides recombinants
3.1. Identification de clones porteurs de plasmides recombinants
3.1.1. Restriction diagnostique
3.1.2. Criblage par PCR
3.1.3. L鈥檃-compl茅mentation
3.1.4. La disruption de ccdB
3.2. Les enzymes de modification
3.2.1. L鈥橝DN polym茅rase de Klenow
3.2.2. La phosphatase alcaline
3.2.3. La transcriptase inverse
3.3. Clonage des produits PCR
3.3.1. Ligation
3.3.2. Repair par une ADN polym茅rase virale
3.3.3. Remplacement des produits PCR par des gBlocks
3.4. Surproduction de prot茅ines recombinantes
Ouvrage de r茅f茅rence聽:
芦聽Molecular Biology of the Gene鈥� (Watson et al.) Pearson Eds. (2014), 7th Edition

M茅thodes d'enseignement

Chaque chapitre fait l鈥檕bjet d鈥檜ne ou plusieurs vid茅os successives. Les vid茅os sont mises en ligne d猫s le d茅but du cours. L鈥櫭﹖udiant regarde ces vid茅os 脿 un moment o霉 il/elle est r茅ceptif(ve), en tentant de comprendre les m茅canismes complexes pr茅sent茅s dans le cours. A intervalles r茅guliers, des s茅ances de questions r茅ponses, centr茅es chacune sur un ou plusieurs chapitres, se font en pr茅sentiel, dans une salle 茅quip茅e d鈥檜n tableau et d鈥檜n vid茅oprojecteur s茅par茅s. Les s茅ances de questions-r茅ponses ne sont pas obligatoires pour l鈥櫭﹖udiant. A chaque s茅ance questions-r茅ponses, une premi猫re partie consiste en une discussion par groupe de 4-5 茅tudiants, d鈥檃bord sur des questions qui semblent simples, typiquement des mots de vocabulaires ou des d茅tails de m茅canismes. Les questions plus larges et les d茅tails non-r茅solus dans la premi猫re partie font l鈥檕bjet de questions pos茅es directement 脿 l鈥檈nseignant dans la seconde partie, o霉 tout le groupe est r茅uni.

Modes d'茅valuation
des acquis des 茅tudiants

L鈥櫭﹙aluation se fera sous forme d鈥檜n examen oral, tant que le nombre d鈥櫭﹖udiants est compatible avec ce type d鈥櫭﹙aluation. L鈥檈xamen commence par une p茅riode de 45 脿 60 minutes durant laquelle l鈥櫭﹖udiant(e) rassemble ces id茅es et r茅alise des sch茅mas qui pourront l鈥檃ider 脿 pr茅senter ensuite oralement (environ 15 minutes) une r茅ponse aux questions pos茅es. La discussion est l鈥檕ccasion de parcourir des mati猫res non-couvertes par les questions pos茅es initialement. Le but de l鈥櫭﹙aluation est bien s没r d鈥櫭﹙aluer l鈥檌nt茅gration des acquis d鈥檃pprentissage.

Facult茅 ou entit茅
en charge

SINC