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Enseignants

Kabamba-Mukadi Beno卯t; Rodriguez-Villalobos Hector (coordinateur(trice)); Verroken Alexia;

Langue
d'enseignement

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Partie bact茅riologie
Les notions de base de biochimie et physiologie ainsi que de microbiologie g茅n茅rale (WFAR1282T)
Partie Virologie
Principe de la biologie, de la g茅n茅tique et de la micro-biologie fondamentale

Le(s) pr茅requis de cette Unit茅 d鈥檈nseignement (UE) sont pr茅cis茅s 脿 la fin de cette fiche, en regard des programmes/formations qui proposent cette UE.

Th猫mes abord茅s

L'enseignement comporte deux parties, l'une aborde les aspects g茅n茅raux de la microbiologie et l'autre l'approche syst茅matique. La virologie est trait茅e s茅par茅ment des autres branches de la microbiologie. Dans la partie g茅n茅rale bact茅rienne, la relation h么te-bact茅rie 脿 l'茅chelle des populations et des individus, 脿 l'茅chelle cellulaire et mol茅culaire est trait茅e ainsi que le rapport avec le syst猫me immunitaire, la variation antig茅nique et la conception des vaccins. Dans la partie sp茅cifique, les sujets suivants sont abord茅s: microorganismes responsables d'infections g茅n茅ralis茅es, d'infections du tractus digestif, d'infections de l'arbre urinaire, de maladies sexuellement transmissibles, d'infections de la sph猫re respiratoire et ORL, de m茅ningites et d'infections cutan茅es. L'茅pid茅miologie hospitali猫re, les complications non infectieuses d'infections et les principales parasitoses sont 茅galement d茅crites.
Dans la partie g茅n茅rale virale, quelques aspects de virologie fondamentale sont abord茅s, n茅cessaires 脿 la compr茅hension du reste du cours, ainsi que les diff茅rents aspects du diagnostic, du traitement et de la vaccination antivirale. Dans la partie concernant la virologie m茅dicale sp茅cifique, les virus individuels sont abord茅s. La priorit茅 est donn茅e aux virus fr茅quents pr茅sentant une morbidit茅 substantielle dans notre population tels les virus des h茅patites, le virus du SIDA ou les virus herp猫s. Cette liste n'est pas exhaustive. Les travaux pratiques permettent 脿 l'茅tudiant de r茅aliser quelques techniques 茅l茅mentaires de microbiologie : examen microscopique, cultures de bact茅ries, identification de germes, antibiogramme, examen s茅rologique'

Acquis
d'apprentissage

A la fin de cette unit茅 d鈥檈nseignement, l鈥櫭﹖udiant est capable de :
1	Au terme de ce cours l鈥櫭﹖udiant de m茅decine BAC3 sera capable de: Nommer les principaux genres et esp猫ces microbiennes commensaux dans les diff茅rents compartiments humains D茅crire les 茅l茅ments propres 脿 la cellule eucaryote et procaryote, d茅crire la paroi bact茅rienne et les cibles aux antibiotiques D茅crire les m茅canismes d鈥檃ction de diff茅rentes classes d鈥檃ntibiotiques et leur spectre d鈥檃ctivit茅 D茅crire les m茅canismes de r茅sistance aux antibiotiques, leur implications en clinique et donner des exemples Expliquer par un exemple le processus d'adh茅sion d'une bact茅rie 脿 une cellule humaine, le processus d'invasion d'un tissu, le mode de production et d'action d'une exotoxine bact茅rienne et le principe de pathog茅nicit茅 d'une endotoxine. Expliquer par un exemple le principe d'un vaccin conjugu茅 et d茅montrer son impact sur la population Nommer les principales esp猫ces pathog猫nes rencontr茅es chez l鈥檋umain et associer celles-ci aux syndromes infectieux observ茅s en m茅decine D茅crire les sources de contamination et routes de transmission des principaux pathog猫nes (bact茅ries, parasites, champignons) Identifier et diff茅rencier les sympt么mes associ茅s aux infections principales Identifier les param猫tres qui conditionnent les risques infectieux li茅s aux soins hospitaliers et mettre en pratique les mesures principales de pr茅vention de ces infections Evaluer une histoire clinique et 锚tre capable d鈥檌nitier un processus de diagnostic microbiologique Choisir le test de laboratoire appropri茅 pour le diagnostic d鈥檜ne infection bact茅rienne, parasitaire et mycologique dans les diff茅rentes situations cliniques Interpr茅ter un r茅sultat d鈥檜n laboratoire de microbiologie pour les pathologies infectieuses principales (ex LCR, Urines, expectoration, LBA, h茅moculture) Expliciter pour chacun des grands syndromes infectieux rencontr茅s chez l'锚tre humain les param猫tres li茅s 脿 l'h么te, li茅s aux microorganismes bact茅riens, mycotiques ou parasitaires (pathog茅nicit茅, 茅pid茅miologie, sensibilit茅) et li茅s 脿 l'environnement qui conditionnent la fr茅quence et le degr茅 de gravit茅 : infections respiratoires sup茅rieures (pharyngite, sinusite, otite, 茅piglottite, carie et abc猫s dentaires) infections respiratoires basses (pneumonie) infections urinaires infections du syst猫me nerveux central (m茅ningite, abc猫s) 叠补肠迟茅谤颈茅尘颈别蝉 infections digestives infections cutan茅es infections g茅nitales infections transmises par les animaux Acquis pratiques en microbiologie Ma卯triser une gamme de comp茅tences pratiques de routine d鈥檜n laboratoire de microbiologie : mise en culture, examen direct, antibiogramme Pr茅sentation des donn茅es de laboratoire par forme orale et 茅crite Virologie Expliquer la cons茅quence pratique d'茅l茅ments fondamentaux de la virologie tels que la pr茅sence d'une enveloppe ou l'existence d'une quasi-esp猫ce Choisir les tests de laboratoire appropri茅s dans diff茅rentes situations cliniques telles que la recherche d'une immunit茅, la d茅tection d'une r茅activation virale ou le diagnostic d'une infection aigu毛 Expliquer l'implication pratique des diff茅rents types de vaccins viraux D茅crire les diff茅rentes formes de transmission des virus et en expliquer les cons茅quences sur leur 茅pid茅miologie Expliquer dans les grandes lignes, le m茅canisme d'action des diff茅rents antiviraux 脡num茅rer les indications des diff茅rents antiviraux Indiquer le principe du m茅canisme d'action des antiviraux D茅crire pour chaque virus 茅tudi茅 les manifestations cliniques principales Indiquer les m茅thodes diagnostiques adapt茅es pour chaque infection virale et dans chaque circonstance pratique, comme la grossesse ou l'immunosuppression Choisir l'茅chantillon appropri茅 pour diff茅rentes circonstances diagnostiques Acquis d鈥檃pprentissage transversaux : Au terme du cours l鈥櫭﹖udiant de m茅decine BAC3 sera capable de: Analyser les diff茅rents 茅l茅ments d鈥檜ne histoire clinique et orienter de fa莽on rationnelle聽 les demandes de tests de laboratoire Appliquer dans la vie professionnelle les r猫gles de la bonne pratique de prescription d鈥檜n test analytique, l鈥檕btention d鈥檜n bon pr茅l猫vement et l鈥檃cheminement ad茅quat au laboratoire Appliquer dans la vie professionnelle la bonne communication avec le laboratoire et comprendre l鈥檌mportance d鈥檜n abordage multidisciplinaire d鈥檜n probl猫me m茅dicale Appliquer dans chaque geste de la vie professionnelle les mesures de pr茅vention de la transmission des infections D鈥檌nterpr茅ter un r茅sultat d鈥檜n test de microbiologie en fonction des valeurs pr茅dictives positives et n茅gatives G茅rer efficacement le travail en 茅quipe.聽 Apprentissage en ex茅cutant des t芒ches au sein d鈥檜n petit groupe dans les travaux pratiques au laboratoire de microbiologie.

Contenu

Partie de Microbiologie g茅n茅rale et Bact茅riologie
Chapitre 1 : Introduction 脿 la Microbiologie Clinique
Chapitre 2 : Rappel de la bact茅rie
Chapitre 3 : Comment les bact茅ries produisent des maladies ? Pathog茅nicit茅
Chapitre 4 : Antibiotiques et m茅canismes de r茅sistance
Chapitre 5 : Les vaccins
Chapitre 6 : Techniques de laboratoire en Microbiologie
Chapitre 7 : G茅n茅ralit茅s sur l鈥櫭﹑id茅miologie et l鈥檋ygi猫ne hospitali猫re
Chapitre 8 : Contr么le des maladies infectieuses : pr茅cautions g茅n茅rales et additionnelles
Chapitre 9 : D茅sinfection et st茅rilisation
Chapitre 10 : Les bact茅ries impliqu茅es dans les infections des voies urinaires
Chapitre 11 : Les bact茅ries impliqu茅es dans les infections cutan茅es
Chapitre 12 : Les bact茅ries impliqu茅es dans les infections du syst猫me nerveux central
Chapitre 13 : Les bact茅ries impliqu茅es dans les infections du tractus respiratoire sup茅rieur
Chapitre 14 : Les bact茅ries impliqu茅es dans les infections du tractus respiratoire inf茅rieur
Chapitre 15 : Les bact茅ri茅mies
Chapitre 16 : Les bact茅ries impliqu茅es dans les infections du tractus g茅nital
Chapitre 17 : Les bact茅ries impliqu茅es dans les infections du tractus digestif
Chapitre 18 : Les bact茅ries impliqu茅es dans les zoonoses
Chapitre 19 : Les agents de bioterrorisme
Chapitre 20 : G茅n茅ralit茅s sur les parasites et protozoaires d鈥檌nt茅r锚t m茅dical
Chapitre 21 : N茅matodes d鈥檌nt茅r锚t m茅dical
Chapitre 22 Cestodes et tr茅matodes d鈥檌nt茅r锚t m茅dical
Chapitre 23 : Notion de base de mycologie m茅dicale
Chapitre 24:聽Dermatomycoses, mycoses systemiques et d'importation
Chapitre 25: Mycobacteries (tuberculose), actynomycoses, nocardioses
Partie de Virologie
Virologie g茅n茅rale :
Dans la premi猫re partie du cours, les notions fondamentales sont revues de mani猫re approfondie : d茅finition du virus, structures des particules virales et classification, 茅tude de la r茅plication des diff茅rentes classes de virus, examen critique des m茅thodes diagnostiques utilis茅es en virologie, th茅rapeutiques antivirales : vaccination, s茅roth茅rapie, m茅dicaments antiviraux.
Virologie syst茅matique et syndromique :
La seconde partie du cours est une 茅tude syst茅matique des diff茅rents virus qui ont une importance reconnue en pathologie humaine en insistant sur les relations qui existent entre d'une part la structure et le mode de r茅plication et d'autre part la pathologie, l'茅pid茅miologie, le diagnostic et le traitement 茅ventuel, y compris la r茅sistance aux antiviraux.
Virologie syst茅matique 1 : HIV, HPV
Virologie syst茅matique 2 : Herpesviridae
Virologie syst茅matique 3 : Picorna, Polyomavirus, ROR, Hantavirus, Parvovirus
Virologie syndromique 1 : H茅patites virales
Virologie syndromique 2 : Virus impliqu茅s dans les infections respiratoires
Virologie syndromique 3 : Virus impliqu茅s dans les infections gastro-intestinales
Virologie syndromique 4: Virus impliqu茅s dans les infections du syst猫me nerveux central
Virologie syndromique 5 : Virus impliqu茅s dans les infections virales sexuellement transmissibles et infections virales (r茅)-茅mergentes
Virologie syndromique 6: Virus impliqu茅s dans les infections virales cutan茅o-muqueuses et 茅ruptives.

M茅thodes d'enseignement

Le mode d鈥檈nseignement est ax茅 sur le d茅veloppement de la curiosit茅 intellectuelle, l鈥檈sprit critique et la r茅flexion de l鈥櫭﹖udiant plut么t que sur l鈥檈ncouragement聽 d鈥檜n apprentissage par c艙ur.
L鈥檈nseignement comprend

• Des expos茅s magistraux avec des exemples et illustrations qui d茅butent avec un cas clinique (en relation 脿 la mati猫re pr茅sent茅e) avec des questions qui sont r茅solues et discut茅es 脿 la fin de chaque cours.
• D茅bats avec argumentation et discussion sur un sujet d鈥檃ctualit茅
• Enseignement individualis茅 dans la partie bact茅riologie sur le site web :
• Utilisation de la plateforme ICampus : d茅p么t de tous les documents et diapositives du cours, d茅p么ts d鈥檈xercices et correctifs
• Suppl茅ments au cours sous forme de vid茅os, liens vers sites internet, atlas d鈥檌mages et articles scientifiques

Visite (sur base volontaire) guid茅e du laboratoire de microbiologie pour l鈥檕bservation in situ du fonctionnement d鈥檜n laboratoire de microbiologie clinique et des diverses techniques diagnostiques.
La pr茅sence au cours (partie th茅orique) n鈥檈st pas obligatoire. N茅anmoins, nous encourageons fortement la pr茅sence聽 car l鈥檈xamen se base聽 fondamentalement sur le contenu pr茅sent茅 au cours et les cursus ne sont pas enregistr茅s.
La pr茅sence au cours pratique est obligatoire. Toute absence totale ou partielle n茅cessite un justificatif 脿 pr茅senter au coordinateur des cours (Prof. H. Rodriguez-Villalobos).

Modes d'茅valuation
des acquis des 茅tudiants

Les acquis de l鈥櫭﹖udiant seront d茅montr茅s par un examen avec des questions : QCM, questions ouvertes 脿 r茅ponse courte et questions vraie/faux.
R猫gles de r茅partition de points 脿 l鈥檈xamen : la partie de bact茅riologie (bact茅riologie, mycologie, parasitologie) repr茅sente 13 points, la partie de virologie 7 points
La mati猫re est consid茅r茅e comme acquise avec聽 10 point/20 (50%) mais un minimum de 40% dans la partie de bact茅riologie et dans la partie de virologie est requis.
Ces r猫gles tiennent compte du quota d鈥檋eures donn茅es pour chaque branche et permettent d鈥櫭﹙iter un boycott d鈥檜ne partie du cours.
Quiz repris sur le site pour 茅valuation personnelle.

Le type d鈥櫭﹙aluation choisi lors de la 1猫re session d鈥檈xamen peut 锚tre soumis 脿 modification au regard du nombre d鈥櫭﹖udiant路es inscrit路es 脿 la seconde session

Ressources
en ligne

Outils de communication : chat, forum, messagerie
Site web :

Support de cours

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Facult茅 ou entit茅
en charge

MED