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Gestion et exploration des données biologiques

lbio1282  2024-2025  Louvain-la-Neuve

Gestion et exploration des données biologiques
2.00 crédits
20.0 h + 15.0 h
Q1
Enseignants
Langue
d'enseignement
¹ó°ù²¹²Ôç²¹¾±²õ
±Ê°ùé²¹±ô²¹²ú±ô±ð²õ
Pour suive ce cours, il est nécessaire de maîtriser les connaissances et compétences développées dans le cours LBIO1116 (Démarche scientifique en biologie)
Thèmes abordés
Réarrangement de données mal encodées. Combinaisonde nombreux fichiers séparés de manière automatique; Création de graphes; Bases du SQL.
Acquis
d'apprentissage

A la fin de cette unité d’enseignement, l’étudiant est capable de :

1 Démontrer son autonomie dans l'utilisation de base du logiciel R, en particulier
Ìý- Réaliser les opérations mathématiques de base et définir une variable (objet), un vecteur de valeursÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌý
- Utiliser une fonction, et modifier les options (±è²¹°ù²¹³¾Ã¨³Ù°ù±ð²õ, ouarguments) par défaut de celle-ci.
-Ìý Interpréter un message d'erreur, reconnaître les erreurs de syntaxe les plus fréquentes et les corrigerÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌý
- Importer un jeu de donnéesÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌý
- Extraire une colonne ou section d'un jeu de donnéesÌýÌýÌýÌý
 
Contenu
Les thèmes suivants serontÌýabordésÌý:ÌýÌý
  • Organisation de données dans un tableur (Excel, LibreOffice)
  • Utilisation deÌýÌýdansÌýl'environnementÌý
  • ImportationÌýdes données en R
  • Manipulation de données avec le packageÌýdplyr
  • Combiner des tableaux de données
  • Visualisation de données avec le package ggplot2
Méthodes d'enseignement
Le cours sera entièrementÌýdispensé sous forme de travaux pratiques dirigés par le titulaire, au cours desquels les étudiants seront amenés à réaliser des exercices de programmation suivant des problèmes concrets, en utilisant le langage de programmation R dans l'environnementÌýRStudio.ÌýÌý
La présence des étudiants à l'ensemble des cours (volumes 1 et 2) n'est pas obligatoire, mais hautement conseillée, car la seule manière d'apprendre l'utilisation de R est de s'entraîner régulièrement dans le cadre du cours.
Modes d'évaluation
des acquis des étudiants
Evaluation continue : 4 interrogations sont faites pendant le cours, la participation à ces interrogations est obligatoire et un étudiant ne peux pas réussir le cours avec des absences non-justifiées pour les interrogations.
L'évaluation se fera via des interrogations lors du cours en salle informatique et avec un examen final sur ordinateur pendant la session d'examens, òu les étudiants doivent faire desÌýexercices et préparant des analyses et graphiques tels que présentés et pratiqués durant le cours. Les étudiants apprennent à faire des scripts et rédigerÌýun rapport reproductible enÌýR MarkdownÌýsousÌýRStudio, ces rapports sont à soumettre pour les deux dernières interrogations et pour l'examen final.
Lors des évaluations, les étudiants peuvent consulter leurs propres notes de cours,Ìýles fichiersÌýsur leur espace personnel sur le réseau UCLouvain et le Help de R, mais ils ne peuvent pas utiliser des moteurs de recherche internet, ChatGPT ou autrement communiquer avec l'extérieur.
Une note pondéréeÌýest calculée avec 75% de la note pour l'examen final et 25% de la moyenne des 3 meilleures notes pour les interrogations. La note la plus élevée (note pondérée ou note d'examen) sera la note finale.Ìý
Ressources
en ligne
Les supports du cours (présentations, exercices) se trouvent sur leÌý, qui est également utilisé pour donner les questionnaires et soumettre les réponses des interrogations et de l'examen.
, qui a fortement inspiré leÌýcontenu de ce cours-ci
Faculté ou entité
en charge


Programmes / formations proposant cette unité d'enseignement (UE)

Intitulé du programme
Sigle
°ä°ùé»å¾±³Ù²õ
±Ê°ùé°ù±ð±ç³Ü¾±²õ
Acquis
d'apprentissage
Bachelier en sciences biologiques

Mineure en biologie

Bachelier en sciences géographiques, orientation générale

Bachelier en biologie, anthropologie et archéologie