小瓢虫传媒

Enseignants

Gatto Laurent;

Langue
d'enseignement

贵谤补苍莽补颈蝉

笔谤茅补濒补产濒别蝉

Le(s) pr茅requis de cette Unit茅 d鈥檈nseignement (UE) sont pr茅cis茅s 脿 la fin de cette fiche, en regard des programmes/formations qui proposent cette UE.

Th猫mes abord茅s

Ce cours introductif 脿 la bioinformatique et sciences des donn茅es appliqu茅es aux sciences biom茅dicales introduira les m茅thodologies et technologies utilis茅es en bioinformatique. Les 茅tudiants apprendront comment g茅rer un projets bioinformatique et comment manipuler et visualiser des jeux de donn茅es de tailles moyennes.

Acquis
d'apprentissage

A la fin de cette unit茅 d鈥檈nseignement, l鈥櫭﹖udiant est capable de :
1	A l'issue de ce cours, les 茅tudiants auront une comprehension que ce qu'est la bioinformatique et quand la bioinformatique leur sera requise. Ils seront 茅galement en mesure de 1. Analyser un probl猫me bioinformatique simple, proposer une solution informatique pour le r茅soudre et la mettre en oeuvre. 2. D茅composer un probl猫me simple en sous-probl猫mes et les r茅soudre sous forme de scripts d'analyse. 3. Lire et comprendre des scripts d'analyse existants. 4. Utiliser des outils informatiques de support 脿 la programmation. 5. Exploiter la documentation technique du langage informatique R et des vignettes Bioconductor. 6. R茅aliser des scripts R et rapports d'analyse de petite taille en Rmd. Eu 茅gards de r茅f茅rentiel des acquis d'apprentissage du programme de bachelier en sciences biom茅dicales, ce cours contribue au d茅veloppement, 脿 l'acquisition et a l'茅valuation des acquis suivants: 2a, 2c, 3c, 5a, 5b, 5c, 5d

Contenu

Ce cours introductif 脿 la聽bioinformatique聽abordera les th猫mes聽suivants聽:聽聽

• Qu'est-ce聽que la聽bioinformatique聽et quelles sont ses domaines d'applications.聽聽
  
• Technologies and m茅thodologies utilis茅es en聽bioinformatique聽聽
  
• Introduction aux technologies et donn茅es聽omiques.聽聽
  

Dans sa partie sciences de donn茅es appliqu茅es aux sciences biom茅dicales, les th猫mes suivants seront聽abord茅s聽:聽聽

• Gestion de projet d'analyse de donn茅es et recherche reproductible.聽聽
  
• Organisation de donn茅es dans des tableurs.聽聽
  
• Utilisation de l'environnement de programmation聽.
  
• Notions pratiques d'analyse de donn茅es et de programmation sous en .
  
• Introduction aux structures de donn茅es 茅l茅mentaires sous R.
  
• Manipulation et visualisation de donn茅es.
  
• Analyses et structures de donn茅es haut-d茅bit avec R et .
  

M茅thodes d'enseignement

Le cours sera dispens茅 sous forme de travaux pratiques, au cours desquels les 茅tudiants seront amen茅s 脿 r茅aliser des exercices de programmation suivant des probl猫mes concrets rencontr茅s en sciences biom茅dicales, en utilisant le langage de programmation R et l'environnement de programmation聽RStudio.聽聽Des interrogations seront organis茅es r茅guli猫rement pour permettre aux 茅tudiants d'茅valuer leur acquis d'apprentissages tout au long du cours.
La pr茅sence des 茅tudiants 脿 l'ensemble des cours (volumes 1 et 2) est obligatoire.聽

Modes d'茅valuation
des acquis des 茅tudiants

L'examen se fera sur ordinateur ; les 茅tudiants pr茅pareront un rapport reproductible en Rmd sous RStudio, r茅pondant 脿 des exercices et pr茅parant des analyses聽tels que pr茅sent茅s et pratiqu茅s durant le cours.聽

Autres infos

Ce cours est聽English friendly: les notes de cours et mat茅riels suppl茅mentaires sont en anglais, les 茅tudiant(e)s pourront poser leurs questions en anglais, et les questions et r茅ponses de l'茅valuation peuvent 茅galement 锚tre en anglais.

Ressources
en ligne

Le cours est accessible en ligne:

Support de cours

• cours en ligne et informations compl茅mentaires sur moodle. Obligatoires.

Facult茅 ou entit茅
en charge

> SBIM