La formation comprend des stages à temps plein dans des services agréées et des enseignements. Elle est d'une durée d'au moins six ans (à temps plein), à savoir trois ans de formation de base en médecine interne et trois années de formation supérieure en gastro-entérologie. Le plan de stage établi par le maître de stage coordinateur universitaire doit être approuvé par la commission d'agrément ministérielle de la spécialité. Ces stages comprennent des activités de garde.